Большинство микробиологов занимаются исследованиями и разработками, проводят фундаментальные исследования с целью расширения научных знаний.
Другие проводят прикладные исследования, используя знания, полученные в результате фундаментальных исследований, для разработки новых продуктов или решения конкретных проблем, например, при разработке генетически модифицированных культур, биотоплива и способов защиты окружающей среды.